Apoptoz defekti: 
•    Kanserler; özellikle p53 mutasyonu ile oluşanlar, hormona bağlı gelişenler (meme, over, prostat) ve foliküler lenfoma (Bcl-2 mutasyonu)
•    Otoimmün hastalıklar
Apoptoz artışı:
•    Spinal muskuler atrofi gibi , bazı nöronların kaybı ile giden nörodejeneratif hastalıklar
•    MI ve serebral enfarktüs gibi iskemik hastalıklar
•    Viral enfeksiyonlarda, enfekte hücrelerin ölümü

Subselüler Zedelenme
Zedeleyici etkilere bağlı olarak hücre organellerinde oluşan değişikliklerdir.

Hücre İskelet Anomalileri :

•    Chediak-Higashi sendromu mikrotübül polimerizasyon defektidir. Lizozomla fagozom birleşemez ve fagositoz bozulur. Lökositlerin sitoplazmasında büyük, anormal lizozomlar oluşur.
•    İmmotil silia sendromu (Kartagener sendromu) ise mikrotübül organizasyon defektidir. Spermin motilitesi bozulduğundan erkekte sterilite , siliaların hareketi bozulduğundan alt solunum yolu enfeksiyonları sonrasında bronşiektazi gelişir.
•    Sitozalasin B ve Amanita falloidesin toksini olan falloidin, hücre iskelet elemanleından aktin filamanlarını bağlar. Lökosit harakatlari ve fagositoz bozulur.
•    Alkolik hepatit ve diğer bazı karaciğer hastalıklarında görülen Mallory cisimciği intermedier flaman keratin birikimidir. Alzheimer hastalığında görülen nörofibriler yumaklar ise mikrotübül  ile ilişkili proteinler ve nöroflamandan oluşur.
•    Hücre iskelet proteinleri, yüzey reseptörleri ile ilişkilidir. Wiskott-Aldrich sendromu, lenfosit antijen reseptörlerini hücre iskeletine beğlayan proteinlerde defekt ile karakterli herediter hastalıkltır. Ekzema, trombosit anomalileri ve immün yetmezlik görülür.
Mitokondrial Değişiklikler
•    Beslenme bozukluğu ve alkolik  hepatitde ileri derecede büyümüş mitokondriler (megamitokondri) görülebilir.
•    İskelet kasının bazı kalıtımsal metabolik hastalıklarında (mitokondrial myopati) anormal krista içeren büyük mitokondriler görülebilir.
•    Böbrek, tiroid, paratorid ve tükrük bezlerinde büyümüş ve çoğalmış mitokondri içeren, geniş eozinofilik sitoplazmalı hücrelerden oluşan tümörlere onkositom denir. Hücrelere de onkositik hücre denir. Hurtle hücreleri bu grupta yer alır.

DER İndüksiyonu: 
•    Barbitüratlar düz endoplazmik retikulum ve p450 enzimlerinin sentezini arttırır. Tolerans artar, adaptasyon gelişir. Steroid, alkol, aril hidrokarbonlar, insektisidler gibi maddelerin metabolizması hızlanır.

Hücre İçi Birikimler

Yağlı Değişiklik ( Steatoz)
Birikimler trigliserid, kolesterol ve kolesterol esterleri yapısında olabilir.
Karaciğer, kalp kası, iskelet kası ile böbrek  tübül hücrelerinde trigliserid birikir.

Karaciğerde: 
•    Hepatotoksinler ,örneğin alkol, mitokondri ve DER fonksiyonunu bozar.
•    CCI4 ve protein  malnütrisyonu apoprotein sentezini azaltır.
•    Anoksi yağ asidi oksidasyonunu bozar.
•    Açlık ve Diabetes Mellitus periferik depolardan yağ asiti mobilizasyonunu arttırır,karaciğere giren yağ asiti artar.
•    Alkol ve orotik asit  karaciğerden lipoprotein salınımını azaltır.
Kalpte : 
•    Uzamış orta dereceli hipoksi ile bant tarzında sarı renkte yağ birikimi kaplan görünümünü oluşturur.
•    Belirgin hipoksi ve difteri gibi ağır myokarditlerde ise diffüz yağlanma oluşur.
Kolesterol ve kolesterol esterleri
•    İnfalmatuar ve nekrotik alanlar çevresinde köpüklü histiositler
•    Aterosklerotik plaklarda köpüklü düz kas hücreleri ve makrofajlar
•    Kantomlarda köpüklü makrofajlar içerisinde kolesterol ve kolesterol esterleri
•    Kronik kolesistitte lmina propria içerisinde kolesterolle yüklü makrofajlar: kolesterolozis

Proteinler
Hücre içi protein birikimleri yuvarlak, eozinofilik damlacıklar olarak görülür.
•    Bazı hastalıklarda, protein birikiminin sebebi yapısındaki bozukluktur. Ribozomlarda yapılan polipeptid zincirleri alfa heliksleri yada beta kümeleri olarak düzenlenir (protein kıvrılması). Protein fonksiyonu ve organellere transportu için bu düzenleme gereklidir. Kıvrımlar düzgün değilse, normal koşullarda şaperonlar, proteinleri düzeltir. Bazı şaperonlar ısı gibi strese bağlı oluşur (ısı-şok proteinleri, hsp70, hsp90 gibi) ve proteinleri korurlar. Proteinler tamir edilemezse, yine bir ısı-şok proteini olan ubiquitin ile proteazom kompleksine taşınarak parçalanırlar. Parçalanmayan anormal yapıdaki proteinler hücre içerisinde birikir.
–    Defektif intraselüler transpot ve sekresyon: Alfa-1 antitripsin yetmezliği’nde, kısmen kıvrılmış defektif protein, karaciğerde, ER’da birikir ve hücre dışına salınamaz. Dolaşımda enzimin düşük olması amfizeme yol açar. Kistik fibrozis’de klorid kanal proteini şaperondan ayrılamaz ve fonksiyonu bozulur. Familial hiperkolesterolemi’de ise LDL reseptör proteininde defekt vardır.
–    Kıvrılmamış yada yanlış kıvrılmış protein birikimi ile oluşan ER stresi: Bu durumda hücrede şaperon artışı ve protein translasyonunda azalma oluşur. Kaspazlar aktiflenerek apoptoz uyarılır. Genetik mutasyon, yaşlanma yada bilinmeyen nedenlerle anormal proteinlerin birikmesi Alzheimer, Huntington ve Parkinson hastalıkları gibi nörodejeneratif hastalıklar ve tip II DM da suçlanmaktadır.
–    Anormal protein birikimi: Anormal kıvrımlı proteinlerin birikimi, hücre fonksiyonunu bozabilir. Birikimler hücre içi yada dışında olabilir. Bazı amiloidoz tipleri bu grupta yer alır (proteinopatiler).

•    Nefrotik sendromda filtrata geçen proteinlerin bir kısmı proksimal tübülde geri emilir ve proksimal tübül epitel hücreleri lizozomları içinde birikir. Geri dönüşümlüdür.
•    Plazma hücresi sitoplazmasında, granüllü endoplazmik retikulum içinde Ig birikimi  Russel cisimciği; plazma hücresi nüvesi içerisinde Ig birikimi ise  Dutcher cisimciği olarak isimlendirilir.Multiple myelom ve bazı lenfoma tiplerinde belirgindir.

Glikojen 
Glikoz yada glikojen metabolizma bozukluklarında (ör: DM, glikojen depo hastalıkları) glikojen hücre içinde birikir ve berrak vakuol olarak görülür.
•    Diabetli hastalarda üriner filtrata çıkan glkozun bir kısmı proksimal tübülde geri emilir ve tübül epitel hücresi içerisinde berrak vakuol olarak görülür. Buna  Armanni-Ebstein bulgusu denir.
Hematoksilen-Eozin ile boyalı kesitlerde protein birikimi pembe rekte; yağ,glikojen ve su birikimi berrak vakuol olarak görülür. Berrak vakuol PAS ile boyanırsa glikojen; oil red-o,Sudan black gibi yağ boyaları ile boyanırsa yağ; bunlardan biri  ile boyanmıyorsa biriken madde  sudur.

Pigmentler

•    Egzojen : Karbon-kömür tozu ve dövme pigmenti
En sık egzojen pigment olan karbon yada kömür tozu inhale edildiğinde alveoler makrofajlar tarafından fagosite edilir, lenfatikler aracılığı ile trakeobronşial lenf düğümlerine taşınır. Birikimi akciğer ve lenf düğümlerinde siyahlaşmaya yol açar ve antrakoz denir. Kömür madeni işçilerinde yoğun birikim pnömokonyoza yol açabilir.
Dövme pigmenti ise dermal makrofajlar tarafından fagosite edilir ve sindirilemediğinden ömür boyu lokalize olarak kalır. İnflamatuar yanıt uyandırmaz.

•    Endojen : Lipofusin, melanin, hemoglobin türevleri
Lipofusin (lipokrom-yaşlanma) pigmenti uzun ömürlü hücreler ve atrofik hücrelerde organel yıkımı sonucunda, organel membranlarındaki poliansatüre lipidlerin peroksidasyonu ile oluşur.Tam olarak sindirilemediğinden lizozomlar içinde birikir ve sarı-kahverengi, granüler pigment olarak görülür. Hücrede zedelenme oluşturmaz, çok fazla miktarda birikirse organda kahverenkte görünüm oluşturur. Serbest radikal hasarı ve buna bağlı oluşan lipid peroksidasyonunun göstergesidir. Yaşlılarda kalp , karaciğer ve nöronlarda belirgindir. Yaşlı hastaların kalbinde görülebilen kahverengi atrofi gibi…Ağır malnütrisyonlu ve kaşektiklerde de belirgindir.

Melanin,tirozinaz enzimi aktivitesi ile melanositler tarafından üretilen endojen pigmenttir. Tirozinaz enziminin, tirozini okside ederek dihidroksifenil alanine dönüştürmesi ile oluşur. Melanositler epidermisin bazal tabakasında bulunan nöroektoderm kökenli hücrelerdir. Tirozinaz enzimi eksikliğinde Albinizm ; lokalize melanosit kaybı ile Vitiligo oluşur.

Alkaptonüri nadir bir metabolik hastalıktır. Cilt,bağ dokusu ve kıkırdakta siyah-kahverenkte homogentisik asit birikir; okronozis denir.

Hemosiderin hemoglobin türevi, altınsarısı-kahverenkte bir pigmenttir ve normal koşullarda kemik iliği, dalak ve karaciğerdeki mononükleer fagositik hücrelerde az oranda bulunabilir. Lokalize yada sistemik demir artışı ferritin yapısında hemosiderin birikimine yol açar. Lokalize artışı hematom çevresindeki makrofajlar içerisinde görülür. Önce hemoglobine bağlı kırmızı-mavi renk; zamanla biliverdine bağlı sarı-yaşil görünüm; daha sonra bilirübin ve en sonunda hemosiderine bağlı sarı-kahve renk oluşur. Sistemik demir artışında ise hemosiderin pek çok organ ve dokuda birikerek Hemosiderozise yol açar. Hemosiderozis hücre ve organın fonksiyonunu bozmaz ve patolojik tablo oluşturmaz. Ama aşırı derecede demir artışı ile karakterli Hemokromatozis de karaciğer ve pankreasda fibrozis sonucu siroz, diabetes mellitus, kalp yetmezliği gibi tablolar oluşur.

Bilirubin hemoglobin türevi olmakla birlikte demir içermeyen safra pigmentidir. Hücre ve dokularda birikimi sarılık oluşturur. Tüm dokularda biriksede en fazla birikim karaciğer ve böbrektedir.Mikroskopik olarak yeşil-kahve-siyah renkte, mukoid, amorf, globuler birikim olarak görülür.

Patolojik Kalsifikasyon 

•    Distrofik kalsifikasyon : Nekrotik odaklar, aterom plakları, zedelenmiş kalp kapacıklarına kalsiyum çökmesidir. Kalsiyum metabolizması ve serum düzeyi normaldir. Papiller tiroid karsinomu, overin seröz papiller karsinomu ve menenjiomda görülen psammom cisimcikleride distrofik lameller kalsifikasyondur. Tüberkülozda görülebilir.

•    Metastatik kalsifikasyon : Kalsiyum metabolizmasında değişiklik  ve serum düzeyinde artış vardır.Hiperparatiroidizm, multiple myelom, lösemi, kemiğe metastaz gibi kemik yıkımı artışı, vitamin D intoksikasyonu, süt-alkali sendromu, sarkoidoz, paraneoplastik sendromlar (ör: akciğerin skuamöz hücreli karsinomu) gibi hiperkalsemik durumlarda görülebilir.Tüm vücutta oluşabilirsede en sık kan damarları, böbrek, akciğer ve mide mukozasının intersisyel bölgelerinde birikir. Çoğu kez klinik bulgu oluşturmaz. Ağır durumlarda akciğerde solunum bozuklukları ve böbreklerde nefrokalsinozise bağlı hasar oluşturur.